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麦類の遺伝子地図データベースを世界に公開
【バイオ】発信：2008/07/23(水) 15:17:41
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理研は、小麦、大麦の遺伝子解析でゲノム上の位置遺伝子情報が判明している全ての遺伝子、約３５００遺伝子の情報を統合したデータベース「ＴｒｉＭＥＤＢ（Ｔｒｉｔｉｃｅａｅ Ｍａｐｐｅｄ ＥＳＴ Ｄａｔａｂａｓｅ）」の公開を７月１日から開始した。
これまで遺伝子地図は４研究機関がそれぞれ独自に発表しており、重複や名称の違いから横断的な検索は出来なかった。今回、その４研究機関（ドイツ：ライプニッツ植物遺伝学・作物研究所、英国：スコットランド作物研究所、米国：カリフォルニア大、岡山大資源生物科学研究所）にも了解を得てデータベースを作成した。
理研植物科学研究センターの持田恵一特別研究員らは、ｃＤＮＡ（相補的ＤＮＡ）に由来する遺伝子マーカーに注目し、公開されている遺伝子地図情報を収集し、統一データベース化。また、遺伝子クラスデータベースであるＮＣＢＩ ＵｎｉＧｅｎｅ、ＴＩＧＲ Ｇｅｎｅ Ｉｎｄｅｘ、ＨａｒｖＥＳＴ、ＰｌａｎｔＧＤＢの大麦および小麦の遺伝子配列情報を再検索し、遺伝子地図上の遺伝子マーカー配列に対応づけた。すでに全塩基配列の解読されているイネゲノム・アノテーション・データベースＲＡＰ−ＤＢの情報にも遺伝子マーカーの遺伝子配列を対応づけた。
この結果、遺伝学的にゲノム上の位置情報が判明している遺伝子マーカー３４７２個について、ゲノム上の位置、各遺伝子クラスターデータベース上の配列、イネゲノム上の相同配列の位置とアノテーション情報が検索可能になった。
データベース活用により、麦類におけるＱＴＬ解析やイネ科作物との比較ゲノム研究の加速が期待される。（科学、7月11日号4面）
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